Si instalamos ambos plugins, ocurre que cuando aceptamos las cookies, ya está cacheado el contenido, y no carga los scripts que queremos añadir, por ejemplo los de Google Analitycs.

Código solución (suponiendo que una de las cookies que añadimos es ‘_ga’ de GA:

if ( isset( $_COOKIE["viewed_cookie_policy"] ) && !isset( $_COOKIE["_ga"] ) ) {
w3tc_flush_all();
}